KISS. Zwei Siteconf, zwei Firmwares (natürlich mit derselben Basis) Einmal ein Split.
naja, "KISS" ist da imho auch eher relativ, zumindest für den Endnutzer wird es dadurch imho nicht einfacher. Und ich würde einfach mal davon ausgehen, dass es auf dauer nicht bei einem Split bleiben wird, dann haben wir irgendwann n Firmwares, zumindest solange, bis wir uns dann irgendwann Gedanken machen und das doch anders regeln. Solange müssen wir dann jeweils n Firmwares warten, builden,...
Eine Laufzeitkonfiguration erfordert meines Erachtens, dass in die "normale" Gluonconfig massiv eingegriffen werden muss.
Ich würde jetzt nicht irgendwelche Gluon-Eigenheiten als Hauptargument für so eine auch recht grundsätzliche Entscheidung nehmen.
Vielleicht wäre eine Möglichkeit, zumindest vorerst tatsächlich wie du sagst zwei firmwares zu builden, um das akute problem in den Griff zu kriegen. Und anschließend, später in einer einzigen, flexibleren Firmware beide (oder n ) wieder zusammenzuführen.